在公历年度内，根据中国加入世界贸易组织货物贸易减让表所承诺的配额量，确定实施进口关税配额管理农产品的年度市场准入数量。属于关税配额内进口的货物，按照配额内税率缴纳关税；属于关税配额外进口的货物，按照配额外税率缴纳关税。

商务部、国家发展改革委2003年发布《农产品进口关税配额管理暂行办法》（商务部、国家发展和改革委员会令 2003 年第 4 号），第三条规定：“实施进口关税配额管理的农产品品种为：小麦（包括其粉、粒，以下简称小麦）、玉米（包括其粉、粒，以下简称玉米）、大米（包括其粉、粒，以下简称大米）、豆油、菜子油、棕榈油、食糖、棉花、羊毛以及毛条。”

商务部发布2005年第93号公告，自2006年1月1日起，取消豆油、棕榈油、菜子油进口关税配额和进口国营贸易管理。

2019年11月30日《商务部关于废止和修改部分规章的决定》（商务部令2019年第1号）对《农产品进口关税配额管理暂行办法》进行修订，明确实行关税配额管理的农产品有7类：小麦、玉米、大米、食糖、棉花、羊毛、毛条。

2021年5月10日，商务部发布《商务部关于废止和修改部分规章的决定》（商务部令2021年第2号），未对农产品种类作出调整。

农产品进口关税配额为全球配额。小麦、玉米、大米、棉花、食糖进口关税配额分为国营贸易配额和非国营贸易配额，国营贸易配额须通过国营贸易企业进口，非国营贸易配额通过有贸易权的企业进口，有贸易权的最终用户也可自行进口。从近几年国家发展改革委和商务部公布的数据来看，农产品配额总量保持恒定数值，现将7种农产品的关税配额总量与2020年进口数量进行对比（如下表所示）。

小麦、玉米、大米、棉花进口关税配额由国家发展改革委核发。食糖、羊毛、毛条进口关税配额则由商务部核发。

《中华人民共和国货物进出口管理条例》第十六条规定，进口配额管理部门分配配额时，应当考虑下列因素：

农产品进口关税配额的分配也是考虑以上因素的。小麦、玉米、大米、食糖按照企业申请数量、历史进口实绩和生产加工能力进行分配；棉花根据申请企业的实际生产经营能力和其他相关商业标准进行分配；羊毛、毛条实行凭合同先来先领的方式进行分配。 

申请小麦、玉米、大米、棉花关税配额需要具备的企业条件以国家发展改革委门户网站每年发布的公告为准；申请食糖、羊毛、毛条关税配额需要具备的企业条件以商务部门户网站每年发布的公告为准。

例如，有资格获得2021年小麦、玉米、大米进口关税配额的企业须首先符合以下条件：2020年10月1日前在市场监督管理部门登记注册；没有违反《农产品进口关税配额管理暂行办法》的行为。

有资格获得2021年小麦、玉米、大米进口关税配额的企业，还必须符合相应品种所列条件之一：

获得2020年小麦进口关税配额且有进口实绩（接受进口关税配额企业委托的代理进口不计入受委托企业的进口实绩，下同）的企业；2019年小麦年加工能力20万吨以上的面粉和食品生产企业。

获得2020年玉米进口关税配额且有进口实绩的企业；2019年玉米年加工能力20万吨以上的饲料生产企业；2019年玉米年加工能力45万吨以上的其他生产企业。

获得2020年大米进口关税配额且有进口实绩的企业；2019年大米年加工能力10万吨以上的食品生产企业。

根据《国务院关税税则委员会关于2021年关税调整方案的通知》，继续对小麦等7类农产品实施关税配额管理，关税配额税率为1%～15%不等。

在年度棉花关税配额数量内的，适用关税配额税率，税率为1%。

国家发展改革委每年根据市场需要确定一定数量的棉花，适用关税配额外暂定税率（5%～40%），又称滑准税。具体规定如下：一是当进口棉花完税价格高于或等于14元/千克时，按0.280元/千克计征从量税；二是当进口棉花完税价格低于14元/千克时，暂定从价税率按下式计算：Ri=9.0/Pi+2.69%×Pi-1，其中Ri为暂定从价税率，Pi为关税完税价格，单位为元/千克。

在关税配额数量和关税配额外滑准税配额数量以外的，适用关税配额外税率，目前关税税率为40%。

根据《中华人民共和国政府和毛里求斯共和国政府自由贸易协定》《中华人民共和国政府与新西兰政府自由贸易协定》《中华人民共和国政府与澳大利亚政府自由贸易协定》，对毛里求斯食糖、新西兰羊毛和毛条、澳大利亚羊毛实行国别关税配额政策，在国别关税配额内适用协定税率。

例如，商务部、海关总署发布2020年第70号联合公告，2021年羊毛毛条配额总量分别为：新西兰羊毛36936吨、新西兰毛条665吨、澳大利亚羊毛38288吨，在国别关税配额数量范围内适用零关税。

对加工贸易进口农产品需要以“进料料件内销”监管方式办理内销手续，企业可提交一般贸易配额证的，按关税配额税率或关税配额外暂定优惠关税税率计征税款和缓税利息；企业无法提交一般贸易配额证的，按关税配额外税率计征税款和缓税利息。

若企业走私进口关税配额农产品，缉私部门计算偷逃税款金额时按照关税配额外进口适用的税率计算。

关税配额农产品进口除涉及自动进口许可证（代码7）、入境检验检疫（代码A）等监管证件外，还会涉及的特殊监管证件如下：

关税配额证明，代码为ｔ，适用于持有《农产品进口关税配额证》进口关税配额农产品的情形，进口商品编号为5201000080未梳的棉花除外，以国别关税配额证明进口除外。

关税配额外优惠税率进口棉花配额证，代码为e，适用于商品编号为5201000080未梳的棉花进口。

国别关税配额证明，代码为q，适用于持有《农产品进口关税配额证》（备注栏标注××国××商品国别配额）进口新西兰和澳大利亚羊毛、新西兰毛条、毛里求斯食糖的情形。

《农产品进口关税配额证》《农产品关税配额外优惠税率配额证》适用于一般贸易、加工贸易、易货贸易、边境小额贸易、援助、捐赠等监管方式进口。

自境外进入保税监管场所、海关特殊监管区域的关税配额农产品，不需要提交配额证，由海关按现行规定验放并实施监管。

从保税监管场所、海关特殊监管区域出库或出区进口的关税配额农产品，海关凭《农产品进口关税配额证》按进口货物管理的有关规定办理进口手续。

散装货物每批次进口溢装量不得超过该批次的5%。

《农产品进口关税配额证》实行一证多批制，即最终用户需分多批进口的，凭《农产品进口关税配额证》可多次办理通关手续，海关通关部门逐批次登记核扣进口或内销数量。最终用户完成《农产品进口关税配额证》标明配额量的最后一批次进口报关后，于20个工作日内将海关签章的《农产品进口关税配额证》第一联（收货人办理海关手续联）原件交原发证机构。

企业开展棉花加工贸易进口业务，必须持注明“本配额证适用加工贸易方式进口”的棉花进口关税配额证（商品编号为5201000001）和关税配额外优惠税率进口棉花配额证（商品编号为5201000080）；未注明“本配额证适用加工贸易方式进口”的棉花进口关税配额证（商品编号为5201000001）及配额外税率进口棉花（商品编号为5201000090）的，不允许开展棉花加工贸易进口。